短時間吸入高濃度的正己烷可出現(xiàn)頭暈、頭痛、胸悶、眼和上呼吸道黏膜刺激及麻醉癥狀。經(jīng)口食入，可出現(xiàn)惡心、嘔吐、支氣管及胃腸道刺激，并影響中樞神經(jīng)系統(tǒng)致急性呼吸損害，嚴重者可發(fā)生化學性肺炎和肺水腫。當食入量達50g時，可致死亡。濺入眼內可引起結膜刺激癥狀。

長時間、低濃度接觸正己烷可引起多發(fā)性周圍神經(jīng)病，多為感覺運動型多發(fā)性周圍神經(jīng)病。表現(xiàn)為肢體遠端麻木、疼痛、下肢沉重感，跟腱反射減弱或消失，四肢遠端肌肉明顯萎縮，影響運動功能。該病起病隱匿而緩慢，從接觸到發(fā)病3~39個月，病程6~30個月不等。接觸程度越高，潛伏期越短。

工作中接觸正己烷可能導致職業(yè)性慢性正己烷中毒和職業(yè)性急性正己烷中毒等職業(yè)病的發(fā)生。