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宏基因組技術在環(huán)境保護及污染改善中的應用

文檔作者：李陽文檔來源：遼寧石油化工大		點擊數(shù)：	更新時間： 2025年05月11日
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上一篇：環(huán)境生物技術在水污染控制中的應用

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宏基因組技術在環(huán)境保護及污染改善中的應用
O李陽
(遼寧石油化工大學遼寧113000)
摘要：宏基因組學是現(xiàn)代微生物生態(tài)學研究中分子生物學技術的一個新理論，它以環(huán)境中沒有培養(yǎng)的微生物為研究媒介，通過獲取環(huán)境
中全部微生物的DNA，形成宏基因組的庫，利用基因組學的研究方法分析環(huán)境中全部微生物的遺傳分組和他們各自群落的功能。自1 999-年-
以來，這項技術已經(jīng)在很多領域有廣泛的應用，如，工業(yè)、醫(yī)療、農業(yè)等。本文將從宏基因組的基本理論，現(xiàn)階段的研究方法，以及潛在
的問題這幾個方面為基礎并提出解決問題的方法，解析它在環(huán)境保護及污染改善中的應用。該項技術的應用對于環(huán)境中微生物的變化有很
大的幫助，而且為環(huán)境中的各項指標和改善提供理論依據(jù)。
關鍵司：宏基因組技術；環(huán)境保護；污染改善
中圍分類號：x 文獻標識碼：A
Application of Metagenome Technology in Environment Protection
and Pollution Improvement
LiYang
(Liaoning University of Petroleum and Chemical Technology,Liaoning，1 1 3000)
Abstract：Metagenomics is口new theory of mo，Pculor biological technique in modern microbial ecology research,and it takes thP
microorganism wh{ch does not exist in environment as the study media,and by access to the DNA ofall microorganisms in Ihe environment to form the
metagenomic library,besides,using the research methods ofgenomics to analyze腩P genetic group and thefunction oftheir respective communities of
all microorganisms in the environment．Since 1999,腑e technology already has wide application in manyfields，such as，industry,medical treatment,
agriculture,etc．This article willputforward the measures on the b∞is ofthe basic theory ofmetagenomics,thepresentstage ofresearch methods,as
well as lhe poteminl problem such several aspects,and analyze its application in environmentprotection andpollution improvement．The application
彭the technology has a lot ofhetpfor changes ofmicroorganism in environment,further more itprovids theoretical basisfor various indicators∽d
improvement ofenvironment．
Key words：metagenome technology；environmentprotection；pollution improvement
由于微生物學和現(xiàn)代生命科學都在不停的進步與發(fā)展，
所以衍生出～門新型的科學技術，即宏基因組學，它的出現(xiàn)
也越來越受到研究者的重視。因為宏基因組技術可以利用環(huán)
境中現(xiàn)成的樣品資源而無需預先培養(yǎng)就可以獲得新的活的物
質基因，從而避免了各種細菌的干擾。它的這種能直接從自
然環(huán)境中提取所需要的信息的能力，大大的提高了微生物資
源的利用率，所以成為當今生命科學研究的重點，并且已經(jīng)
應用在各個生態(tài)環(huán)境中。或許該項技術還可以發(fā)現(xiàn)新基因和
物種，為環(huán)境保護和治理環(huán)境污染帶來更大的突破。本文將
從宏基因組技術的本質，核心技術以及環(huán)境保護和污染改善
幾個方面來展開討論。
一、宏基因技術的本質
宏基因組的基本概念是有美國威斯康星大學的Handdelsman
教授于1998年提出的，它的最初意愿是用來定義土壤細菌的
混合基因組，后來發(fā)展成為環(huán)境中所有的微小生物的遺傳物
質的總和，而且特指環(huán)境中的真菌和細菌的基因組的全部組
合。它的研究方法是不需要通過其他途徑而是直接從環(huán)境中
獲取環(huán)境中的DNA，經(jīng)過一定的處理，將它分配到合適的載
體上，轉化成我們需要的一種菌，進而形成一個全新的DNA
庫。通過各種分析、檢測基因的方法提取目的基因。所以宏
基因組技術包含環(huán)境中的樣品DNA的篩選，提煉，載體和基
因組文庫的挑選等多方面的影響因素，這些步驟的成功與否
對宏基因組技術的成敗都起著決定性的作用。
1．環(huán)境樣本中DNA的提煉
在環(huán)境樣品中混雜著各種基因，從中獲取高質量的樣本
DNA是宏基因組技術的一個重要的步驟。在自然的大環(huán)境中
存在著各種各樣的物質，包括顆粒、粉塵、微生物等，其實
微生物在其中的比率是很小的，而且細胞是附著在顆粒或粉
塵的表面上的，所以要想完整地提煉出樣品中的DNA是很困
難的。
但是為了充分利用宏基因組技術的優(yōu)勢，研究者們還
是迎難而上，最終還是發(fā)現(xiàn)了兩種比較有用的提煉方法。一
種是原位裂解法，即將樣品經(jīng)過聲波處理或是機器處理粉碎
后，然后放在裂解緩沖液中，最后再進行提煉。這種方法的
操作不復雜，樣品的提煉效率也比較高，但是人為的處理
后，DNA的片段就會變得不緊簇，影響文庫的建立。另一種
是異位裂解法，即先將微生物從環(huán)境中分離開來，再用比較
柔和的方法提取樣品DNA。該方法主要應用于提煉片段比較
大的DNA，但是這樣方法的操作比較復雜，提煉的成本也相
比前者高，而且在微生物的分離過程中還會損失一部分微生
物細胞，柔和提煉DNA的方法會使一部分微生物的DNA提
取不到，這樣會造成DNA的大量浪費。
2．載體的挑選
載體在宏基因組技術中起著一種媒介的作用，它的地位
自然是不言而喻了，因為基因組進入宿主細胞需要載體的傳
送，合適的載體直接影響基因組的傳送效率。質粒、福斯黏
萬方數(shù)據(jù)
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粒、細菌人工染色體等都是比較常用的載體。挑選載體時需
要考慮目的基因的長度，是否有利于目的基因的增長，以及
在挑選過程中的細胞量的控制等。如，對于小于1 0kb的基
因選擇質粒載體比較合適，而對于DNA片段比較大的基因
則采用Cosmid、BAC、PI等載體。但是這兩種載體各有利
弊，所以在研究中需要視具體而定，并且試著尋找新的更適
合的載體。
3．宿主茵的挑選
宿主菌是目的基因承接上載體后的產(chǎn)物，宿主菌的挑選
決定著重組基因克隆或表達的效率，在挑選宿主菌時需要將
重組后的細胞的表達效果以及轉化率作為參考因素。
目前，大腸桿菌作為宿主茵是比較常見的，因為它的遺
傳特性比較明顯，生命周期特性健康，而且處理它所需的器
材也比較成熟，但是有些真菌細胞不能在其中很好的表達，
還有可能新生出有毒有害的物質，抑制微生物的正常生長。
于是又發(fā)現(xiàn)了比較理想的宿主菌一鏈霉菌，已經(jīng)有好幾個國
家取得了成功，同時也提高了宿主茵的生命周期。
4．宏基因組文庫的挑選
宏基因組文庫是各種基因的組合，從中可以發(fā)現(xiàn)新生的
物質基因。自然環(huán)境中的微生物的種類比較復雜，數(shù)量和種
類也比較多，所以挑選基因組文庫是一個重工程。
目前比較常用的挑選方法有：功能推動挑選：根據(jù)重
組基因的某一個或某些特定功能，獲取與之對應的克隆基
因。如，根據(jù)裂解酶、淀粉酶、抗生素等基因的變現(xiàn)形狀不
同來挑選。但是由于檢測的方法有限且和宿主茵的表達有
關，因此挑選的效率低下。序列推動挑選：根據(jù)序列相似性
的特點，利用PCR增加基因序列或通過雜交來挑選所需要的
克隆基因，Sargasso海域的宏基因組技術的研究比較成熟，
已經(jīng)在10億對序列中有很大的突破。這種方法相比功能挑
選的優(yōu)勢是對宿主菌的依賴稍小，挑選效率也相對提高，
但是必須對序列的特性非常了解，也很難發(fā)現(xiàn)新的序列?；?
合物結構挑選：依據(jù)的是物質結構的不同所呈現(xiàn)的色譜峰值
也不同，根據(jù)比較轉入前后宿主細胞提取物的色譜圖，挑選
出所需要的克隆基因，這種方法可以很容易的挑選出新生的
物質，但是不一定是有生命力的，而且消費很高，需要大量
的挑選。底物驅使基因表達挑選：該方法用于挑選基因接受
底物觸發(fā)或者酶觸發(fā)的目標基因。該方法比較靈活，節(jié)省時
間，但是對器材的要求很高，并且出現(xiàn)被誤檢測的錯誤幾率
也相對較高。
上面這幾種挑選方法各有利弊，在宏基因組文庫的挑選
時應當分析應用場合和各種挑選方法的特點，選擇合適的挑
選方法來達到最優(yōu)的挑選結果。
二、宏基因組技術在環(huán)境污染改善中的應用
生物修復是最近發(fā)展起來的一個熱詞，它是利用各種
微生物或者是植物以及自由酶的新陳代謝過程，來改善環(huán)境
中的污染，不要消費額外的資源，只需要給這些微生物或是
植物創(chuàng)造一些有利的條件，如，保證充足的空氣和空氣的流
通，供給所需的養(yǎng)分，加入一些菌種來促進生物自身分解有
毒有害物質的能力，去除環(huán)境的污染物，從而達到保護環(huán)境
的目的。
1．發(fā)現(xiàn)降解基因
研究者發(fā)現(xiàn)，自然環(huán)境中的微生物的數(shù)量是相當有限
的，如果單純的依賴這些微量的微生物是很難有重大突破
的。因為宏基因組學可以從環(huán)境中提取所需的克隆基因而且
可以合成我們想要的基因，這對創(chuàng)造新的基因是一個很好的
突破。我們可以利用宏基因組技術大量的挑選出能夠降解污
染物的基因并大量培養(yǎng)，來降低環(huán)境污染改善的成本。
如今，自然界已經(jīng)嚴重污染，森林的濫砍亂伐，水土流
失，湖泊干涸，水質污染，空氣質量變差，空氣中的有毒有
害物質增多，嚴重的影響了人們的身體健康。因此治理環(huán)境
污染迫在眉睫，但是這些地方的環(huán)境溫度和微生物的生存溫
度存在很大的差異，起不到降解的作用，因此需要利用宏基
因組技術挑選出能在較低溫度下生存的微生物，目前研究者
已經(jīng)利用宏基因組技術挑選出的所需的基因并合成了其他可
降解污染物的基因簇，并已經(jīng)應用在工業(yè)廢水的處理中，已
經(jīng)發(fā)現(xiàn)可以降解塑料，有毒農藥，石油等的微生物。今后將
會利用紅基因組技術發(fā)現(xiàn)更多的可降解茵，應用于更多的環(huán)
境污染治理中，讓環(huán)境保護提升一大步。
2．剖析微生物種群多樣性
微生物的種群多樣性是受環(huán)境影Ⅱ向的，環(huán)境的變化會
使微生物產(chǎn)生相應的變化，以此來適應環(huán)境，因此剖析微生
物種群的多樣性對治理環(huán)境污染也是很有幫助的。所謂適者
生存，大自然的改變必然帶來自然界所有生物的改變，只有
順應自然發(fā)展才能長久生存。所以環(huán)境會迫使微生物的群落
發(fā)生改變，因此只有清楚的了解微生物種群和自然環(huán)境的關
系，才能更準確的分析影響環(huán)境的各種指標，為保護環(huán)境提出
更有效的防護措施，對污染改善的治理提供針對性的方法。
三、展望
Whitman等研究人員通過對土壤、海洋、地表等地方
的微生物檢測發(fā)現(xiàn)，自然環(huán)境中所包含的不同物種的基因的
總量是非常大的，足以滿足宏基因組技術的要求，有了這個
前提條件，宏基因組技術自然會不斷發(fā)展與進步的。通過該
項技術挑選可降解的基因，并合成適合其他環(huán)境的新型的菌
落，這些茵落可以應用于處于各種污染，通過這些茵落的自
然降解方法能夠節(jié)省大量的人力物力，并能夠提高環(huán)境的恢
復能力，給自然帶來更小的損害。雖然應用前景可觀，但是
任然存在一些需要克服的困難，如挑選緊簇的、高質量的
DNA和宿主菌直接影響整個技術的進展程度，還有基因組文
庫的建立也是一個重大的工程，因為宏基因組技術需要大量
提取環(huán)境中的DAN，不僅僅需要大量的人力物力，也需要一
個良好的工作環(huán)境，并且需要結合其他技術來更好的管理宏
基因組文庫。將生物學，計算機信息學，環(huán)境學等學科聯(lián)系
起來，讓宏基因組技術在環(huán)境保護和污染改善中發(fā)揮更有效
的作用。
四、總結
大自然是人類賴以生存的環(huán)境，人類的生存、健康依賴
于良好的自然環(huán)境，社會的發(fā)展與進步也依賴于良好的自然
環(huán)境，因此保護環(huán)境是每個人的職責，加強污染治理更是迫
在眉睫的問題。雖然人們一直在為改善環(huán)境不斷努力，但是
一直沒有突破，如今宏基因組技術的出現(xiàn)以及不斷成熟必將
改善環(huán)境污染的治理問題，為環(huán)境保護帶來新一層的突破。
【作者簡介】李陽(1989-)，女，遼寧石油化工大學，研究方向：環(huán)境工程專業(yè)。

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